События мультфильма «Ловушка для кошек» разворачиваются на планете Икс, где всем заправляют банды котов, в то время, как мышам и крысам приходится прилагать очень много усилий, чтобы выживать. Коты объединились в преступные группировки и занимаются истреблением мышей при помощи новейшего оружия. Большинство мышиного населения уже давно задумывается о том, чтобы покинуть планету ради спасения жизней. Когда террор достиг своего пика, то мыши начали действовать против криминального синдиката под руководством опасного кота Джованни Гатто.

Огромную надежду в мышиное сообщество вселяет новейшая разработка профессора Фусимиши, который создал уникальную ловушку для кошек, которая способна сделать из жестоких котов мягких и покладистых существ. За чертежами ловушки к профессору Фусимиши отправляется один из лучших тайных мышиных агентов Ник Грабовски. Однако по следам агента уже направлены головорезы криминального синдиката, которым поручено во что бы то ни стало раздобыть чертежи ловушки.